2013年，学院所辖七家附院：附属脑科医院、附属南京儿童医院、附属南京妇幼保健院、附属眼科医院、附属友谊整形外科医院、附属明基医院、附属肿瘤医院，在学科和专科建设方面取得可喜成果,为我校优势学科建设和临床提升做出重要贡献。
学院2013年共获得36项国家自然科学基金项目，张爱华教授获国家杰出青年基金项目，获省自然科学基金项目立项14项。学院发表SCI论文共计251篇，最高影响因子35.209（莫绪明教授）。黄松明教授主持的课题“氧化应激在小儿慢性肾脏病的发病机制及早期干预中的作用”获宋庆龄儿科医学奖。获得市级以上科技进步奖44项。学院国家自然科学基金项目立项数、SCI收录论文篇数与2012年相比增长幅度分别为26.5％和37.8％。
在专科建设方面，根据复旦大学医院管理研究所发布的《中国最佳医院排行榜》显示，附属脑科医院精神医学获全国最佳专科排名第6，附属肿瘤医院肿瘤学获全国最佳专科排名第10并获批国家临床重点专科，附属南京儿童医院小儿内科学、小儿外科学获全国最佳专科提名。
各附院2013年科研成果列表如下：
| 附属医院 | 科研项目立项 | 科研获奖 | SCI收录论文 |
| 国家级 | 省厅级 | 市局级 | 校级 | 国家级 | 省厅级 | 市局级 | 篇数 | 最高影响因子 |
| 附属脑科医院 | 3 | 5 | 24 | 13 | / | 2 | 5 | 25 | 4.576 |
| 附属南京儿童医院 | 12 | 11 | 15 | 24 | 2 | 6 | 4 | 66 | 35.209 |
| 附属南京妇幼保健院 | 15 | 14 | 15 | 35 | / | 7 | 5 | 63 | 5.635 |
| 附属眼科医院 | 2 | / | 3 | / | / | / | / | 6 | 4.218 |
| 附属友谊整形外科医院 | / | / | / | 2 | / | / | / | 2 | 1.646 |
| 附属明基医院 | / | 1 | 2 | 2 | / | / | 4 | 15 | 4.458 |
| 附属肿瘤医院 | 5 | 30 | 2 | / | / | 5 | 4 | 74 | 9.858 |
| 合计 | 37 | 63 | 61 | 76 | 2 | 20 | 22 | 251 | |
